1. กลุ่มวิชาเอกดนตรีวิทยา (Musicology) 
2. กลุ่มวิชาเอกดนตรีศึกษา (Music Education) 
3. กลุ่มวิชาเอกดนตรีพื้นบ้าน (Folk Music) 
4. กลุ่มวิชาเอกหมอลำ (Mor lam Performing Arts) 
5. กลุ่มวิชาเอกการจัดการดนตรีและศิลปะการแสดง (Music Management and Performing Arts) 
6. กลุ่มวิชาเอกบริหารธุรกิจดนตรีและเทคโนโลยีดนตรี (Music Business Adminstration and Music Technology) 
7. กลุ่มวิชาเอกการประพันธ์เพลง (Music Composition) 

หลักสูตรระดับปริญญาโท แบ่งเป็น 2 แผน คือ แผน ก และแผน ข ดังนี้

1. แผน ก แบบ ก 1 หมายถึง การเรียนที่มีเพียงการทำวิทยานิพนธ์อย่างเดียว มีหน่วยกิตสะสมไม่น้อยกว่า 36 หน่วยกิต และจะต้องทำกิจกรรมทางวิชาการตามที่กำหนดไว้ในข้อบังคับ อาจมีการเรียนกระบวนวิชาเพิ่มเติมได้โดยไม่นับหน่วยกิตสะสม 
2. แผน ก แบบ ก 2 หมายถึง การเรียนที่เป็นลักษณะของการศึกษากระบวนวิชาระดับบัณฑิตศึกษาไม่น้อยกว่า 12 หน่วยกิต และทำวิทยานิพนธ์ไม่น้อยกว่า 12 หน่วยกิต หน่วยกิตสะสมเป็นไปตามโครงสร้างหลักสูตรของสาขาวิชา 
3. แผน ข หมายถึง การศึกษากระบวนวิชาระดับบัณฑิตศึกษา และทำการค้นคว้าแบบอิสระไม่น้อยกว่า 3-6 หน่วยกิต 

มีการสอบคัดเลือกผู้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี เพื่อเข้าศึกษาต่อในระดับปริญญาโทในสาขาวิชาต่าง ๆ ทั้งภาคปกติ และภาคพิเศษ โดยทางมหาวิทยาลัยจะดำเนินการจัดสอบ